Nachteile
Zwar können Webanwendungen durchaus nützlich sein, allerdings ziehen sie auch eine Reihe von Nachteilen mit sich. Zwischen dem Client und dem Server muss zum Beispiel eine permanente TCP/IP- Verbindung bestehen um eine Webanwendung durchzuführen. Nur durch eine Session kann eine ständige Verbindung hergestellt werden, die jedoch wiederum auch Risiken beinhaltet und besondere Sicherheitsvorkehrungen benötigt.
Zudem ist es notwendig, dass die Bandbreite der Verbindungen an die Anforderungen der Webanwendung angepasst werden. Ein weiterer Nachteil ist, dass die Webanwendungen nicht mit allen Webbrowsern richtig funktionieren. Da die Browser HTML unterschiedlich definieren, kann es hierbei schnell zu Schwierigkeiten kommen. Besonders problematisch sind die Unterschiede in der Interpretation von JavaScript, die häufig die Verwendung von Browserweichen erfordern.
Leichtere Abweichungen in der Darstellung zwischen verschiedenen Browsern führen dagegen nur selten zu Problemen. Außerdem können einige Anwendungsgebiete überhaupt nicht oder nur unter erschwerten Bedingungen mit Hilfe von Webanwendungen durchgeführt werden, da aufgrund des Request-Cycle nur eine asynchrone Verarbeitung möglich ist.